Некоторые СМИ высказали предположение, что захват с целью прикрытия груза организовали российские спецслужбы.

На подмосковный военный аэродром Чкаловский в четверг утром прибыли три самолета военно-транспортной авиации Ил-76, на борту которых находились 11 членов экипажа сухогруза Arctic Sea, 8 подозреваемых в захвате судна, а также сотрудники следственных органов, которые занимаются расследованием захвата судна.